Obwohl Meeressäuger in den USA unter Schutz stehen, erlaubt das Gesetz Ausnahmen. Die Tiere sind somit sowohl in den USA als auch weltweit vielerlei vom Menschen verursachten Bedrohungen ausgesetzt. Dazu gehören die Fischerei, bei der nicht selten Delfine unbeabsichtigt den Tod finden, sowie rücksichtslose Fangarten und die Überfischung der Meere. Aber auch die Tatsache, dass Delfine als Sündenböcke herhalten müssen, die Jagd durch Ureinwohner zur Selbstversorgung und die Verschmutzung der Meere setzen den Tieren zu.
Gesetzliche Ausnahmen kalkulieren den „unbeabsichtigten“ Tod von Meeressäugern bei der Fischerei mit ein. Schonungslose Fangmethoden wie die Langleinen- und Treibnetzfischerei dienen einzig dazu, die Nachfrage der Verbraucher nach Speisefisch zu befriedigen. Leider sterben dabei aber zahlreiche andere Tiere wie Meeresschildkröten, Meeresvögel und Meeressäuger. Netze gehen oft verloren oder werden auf See entsorgt und werden für die Tiere zur Todesfalle. Jeden Tag sterben alleine 410 Meeressäugetiere sinnlos als Beifang. Das entspricht einem Tier alle dreieinhalb Minuten.
Die Natur kann den durch moderne Fangmethoden und Überfischung verursachten dramatischen Verlust nicht ausgleichen. Somit wird auch das Nahrungsangebot für Meeressäuger und Meerestiere gleichermaßen immer knapper.
Infolge der Überfischung müssen Delfine, Seelöwen und andere Meeressäuger oft als Sündenböcke für das schwindende Fischangebot herhalten. Dabei werden, oftmals mit Billigung des Gesetzgebers, einzelne Tiere und sogar ganze Populationen ausgelöscht. So werden in Neufundland jedes Jahr 300.000 Sattelrobben in dem Glauben getötet, sie seien für den Rückgang der Kabeljaubestände verantwortlich. Entlang der japanischen Küste werden Delfine mit Netzen in seichte Buchten getrieben, mit Haken an Land gezogen und dort abgeschlachtet. Aber auch in den USA wurden schon Seelöwen, die im Columbia-Fluss nach Lachsen und Regenforellen fischen, mit Zustimmung der Behörden getötet.
Weitere gesetzlich festgelegte Ausnahmen sind die Jagd durch Ureinwohner zur Selbstversorgung. Oftmals werden die Meeressäuger aber auch unter dem Deckmantel von Kultur oder Tradition gejagt. So werden beispielsweise jedes Jahr im Juni auf den Färöer-Inseln 3.000 bis 4.000 Grindwale mit Booten in Buchten getrieben und dort niedergemetzelt. Die USA haben den Ureinwohnern in Alaska die Jagd auf Grönland- und Weißwale, Seehunde, Stellersche Seelöwen, Eisbären und Pazifische Walrosse zu bestimmten Quoten erlaubt.
Zudem fressen Meerestiere nicht selten die Schadstoffe und den im Meer treibenden Müll oder verheddern sich darin.
